截止2024年底，虹口区档案馆馆藏档案169个全宗，共405153卷599638件。档案起止年代为1913年至2024年。主要内容有：

（一）历史档案，包括1949年5月以前虹口、提篮桥、北四川路三个区公所档案以及区内部分中小学的文书、学籍档案等。（二）撤销机构档案，包括虹口区、提篮桥区、北四川路区的各部门、机构档案，虹口区委、区政府下属临时机构档案，以及各轮机构改革中撤销单位的档案等。（三）现行机构档案，是馆藏档案主体，档案门类有文书档案、科技档案、专业档案、声像档案等。包括虹口区属党政机关、街道办事处、镇政府等部门档案，重要活动档案等，内容涵盖区委、区政府各方面工作。（四）专业档案，包括婚姻登记、独生子女申请书、知青上山下乡、知青子女返沪、民国户籍、工商注销、建房申照、退役军人安置、工伤认定等。此外，区档案馆还存有文件、图书、报纸、杂志等馆藏资料。

馆藏档案及资料从不同侧面较全面地记载和反映了虹口区各个历史阶段政治、经济、文化、社会、生态文明建设等方面的变迁发展以及城市建设改造的历史进程。